肝位於脇部，具有剛強、耐疲勞、謀對策等的特性，故有「將軍之官」之稱。它的主要功能有二：一主疏泄、二主藏血。它和外在組織器官最有密切關係的是「在體為筋」、「其華在爪」，「開竅於目」。
所謂「疏泄」，即是疏通、宣泄、暢達的意思。肝主疏泄，一是指肝有調暢氣機的作用（氣機是指氣的運行），幫助脾胃消化正常。如果肝失去疏泄功能，氣的運行不暢順，就會出現胃痛、噯氣、惡心、嘔吐或兩脇脹滿的症狀。
二是指肝有調節情志的作用，情志是人的一種情感活動，即喜、怒、憂、思、悲、恐、驚七情，如果肝的疏泄功能正常，氣血運行暢順，則心情舒暢，情緒穩定。但是，當肝失去疏泄功能，氣血運行不暢，就會出現抑鬱或亢奮兩種情況。肝氣抑鬱表現有胸脇脹滯、鬱悶不樂、多疑善慮，善太息；肝氣亢奮則見急躁易怒、失眠多夢，面赤、頭脹，甚或發狂等。
三是肝有疏泄膽汁分泌，幫助消化的作用，若肝失疏泄，就會影響膽汁的排泄，出現脇肋脹痛、黃疸、口苦等症。
所謂「藏血」，是指肝有貯藏血液、調節血量的功能。當人體活動時，肝臟把貯藏的血液供給各組織器官；當靜臥休息時，多餘的血液又歸藏於肝。
肝藏血功能正常，則面色紅潤、精神旺盛，各組織器官活動正常；若肝藏血功能異常，出現肝血不足，表現有面色無華、視物不清，甚則夜盲、肢體麻木、筋肉拘攣等；另一類的肝不藏血，表現為出血性病症，如吐血、衄血，月經過多。
筋的屈伸動作，支配全身肌肉關節，是要靠肝血滋養，故有「肝主筋」之說。若肝血不足不能養筋，就會出現筋脈痿軟，不耐勞動，肢體麻木，關節屈伸不利。若熱耗肝陰，表現有筋脈拘急、抽搐，甚或角弓反張、牙關緊閉等。
而爪與筋又有密切的關係，有謂「爪為筋之餘」，爪甲亦依賴肝血的滋養。若肝血充足，爪甲紅潤堅靱；肝血不足，爪甲淡白無華，脆軟而薄，變形乾裂。所以，從爪甲的堅脆厚薄和色澤榮枯，也可以測知肝臟功能的盛衰。
肝與眼也有著密切聯繫，中醫認為「肝開竅於目」，肝血充足、視物清晰、目光有神、能辨五色；若肝陰不足，則兩目乾澀，視物模糊；若肝火上升則目赤腫痛等。
根據以上所述，肝的生理功能，相當於現代醫學的血液循環、神經、消化、運動等系統，以及視覺器官的部分功能。